Table cxgn.public.featureloc

The location of a feature relative to
another feature.  IMPORTANT: INTERBASE COORDINATES ARE USED.(This is
vital as it allows us to represent zero-length features eg splice
sites, insertion points without an awkward fuzzy system). Features
typically have exactly ONE location, but this need not be the
case. Some features may not be localized (eg a gene that has been
characterized genetically but no sequence/molecular info is
available). NOTE ON MULTIPLE LOCATIONS: Each feature can have 0 or
more locations. Multiple locations do NOT indicate non-contiguous
locations (if a feature such as a transcript has a non-contiguous
location, then the subfeatures such as exons should always be
manifested). Instead, multiple featurelocs for a feature designate
alternate locations or grouped locations; for instance, a feature
designating a blast hit or hsp will have two locations, one on the
query feature, one on the subject feature.  features representing
sequence variation could have alternate locations instantiated on a
feature on the mutant strain.  the column:rank is used to
differentiate these different locations. Reflexive locations should
never be stored - this is for -proper- (ie non-self) locations only;
i.e. nothing should be located relative to itself

 Generated by
SchemaSpy
Related columns Constraint names Comments Legend
Legend: SourceForge.net
Primary key columns
Columns with indexes
Implied relationships
Excluded column relationships
Dashed lines show
implied relationships
< n > number of related tables
Please support this project 
Column Type Size Nulls Auto Default Children Parents Comments
featureloc_id serial 10  √  nextval('featureloc_featureloc_id_seq'::regclass)
featureloc_pub.featureloc_id featureloc_pub_featureloc_id_fkey
feature_id int4 10
feature.feature_id featureloc_feature_id_fkey
The feature that is being located. Any feature can have zero or more featurelocs
srcfeature_id int4 10  √  null
feature.feature_id featureloc_srcfeature_id_fkey
The source feature which this location is relative to. Every location is relative to another feature (however, this column is nullable, because the srcfeature may not be known). All locations are -proper- that is, nothing should be located relative to itself. No cycles are allowed in the featureloc graph
fmin int4 10  √  null The leftmost/minimal boundary in the linear range represented by the featureloc. Sometimes (eg in bioperl) this is called -start- although this is confusing because it does not necessarily represent the 5-prime coordinate. IMPORTANT: This is space-based (INTERBASE) coordinates, counting from zero. To convert this to the leftmost position in a base-oriented system (eg GFF, bioperl), add 1 to fmin
is_fmin_partial bool 1 false This is typically
false, but may be true if the value for column:fmin is inaccurate or
the leftmost part of the range is unknown/unbounded
fmax int4 10  √  null The rightmost/maximal boundary in the linear range represented by the featureloc. Sometimes (eg in bioperl) this is called -end- although this is confusing because it does not necessarily represent the 3-prime coordinate. IMPORTANT: This is space-based (INTERBASE) coordinates, counting from zero. No conversion is required to go from fmax to the rightmost coordinate in a base-oriented system that counts from 1 (eg GFF, bioperl)
is_fmax_partial bool 1 false This is typically
false, but may be true if the value for column:fmax is inaccurate or
the rightmost part of the range is unknown/unbounded
strand int2 5  √  null The orientation/directionality of the
location. Should be 0,-1 or +1
phase int4 10  √  null phase of translation wrt srcfeature_id.
Values are 0,1,2. It may not be possible to manifest this column for
some features such as exons, because the phase is dependant on the
spliceform (the same exon can appear in multiple spliceforms). This column is mostly useful for predicted exons and CDSs
residue_info text 2147483647  √  null Alternative residues,
when these differ from feature.residues. for instance, a SNP feature
located on a wild and mutant protein would have different alresidues.
for alignment/similarity features, the altresidues is used to
represent the alignment string (CIGAR format). Note on variation
features; even if we dont want to instantiate a mutant
chromosome/contig feature, we can still represent a SNP etc with 2
locations, one (rank 0) on the genome, the other (rank 1) would have
most fields null, except for altresidues
locgroup int4 10 0 This is used to manifest redundant,
derivable extra locations for a feature. The default locgroup=0 is
used for the DIRECT location of a feature. !! MOST CHADO USERS MAY
NEVER USE featurelocs WITH logroup>0 !! Transitively derived locations
are indicated with locgroup>0. For example, the position of an exon on
a BAC and in global chromosome coordinates. This column is used to
differentiate these groupings of locations. the default locgroup 0
is used for the main/primary location, from which the others can be
derived via coordinate transformations. another example of redundant
locations is storing ORF coordinates relative to both transcript and
genome. redundant locations open the possibility of the database
getting into inconsistent states; this schema gives us the flexibility
of both warehouse instantiations with redundant locations (easier for
querying) and management instantiations with no redundant
locations. An example of using both locgroup and rank: imagine a
feature indicating a conserved region between the chromosomes of two
different species. we may want to keep redundant locations on both
contigs and chromosomes. we would thus have 4 locations for the single
conserved region feature - two distinct locgroups (contig level and
chromosome level) and two distinct ranks (for the two species)
rank int4 10 0 Used when a feature has >1
location, otherwise the default rank 0 is used. Some features (eg
blast hits and HSPs) have two locations - one on the query and one on
the subject. Rank is used to differentiate these. Rank=0 is always
used for the query, Rank=1 for the subject. For multiple alignments,
assignment of rank is arbitrary. Rank is also used for
sequence_variant features, such as SNPs. Rank=0 indicates the wildtype
(or baseline) feature, Rank=1 indicates the mutant (or compared) feature

Table contained 0 rows at Sat Oct 11 01:33 EDT 2008

Indexes:
Column(s) Type Sort Constraint Name
featureloc_id Primary key Asc featureloc_pkey
Performance binloc_boxrange
feature_id + locgroup + rank Must be unique Asc/Asc/Asc featureloc_c1
feature_id Performance Asc featureloc_idx1
srcfeature_id Performance Asc featureloc_idx2
srcfeature_id + fmin + fmax Performance Asc/Asc/Asc featureloc_idx3

Close relationships  within one two degrees of separation :